原核有参转录组测序是针对细菌等原核生物，利用高通量测序技术对其转录的mRNA进行测序分析，并结合已知的参考基因组信息，开展基因表达定量、差异表达分析、功能注释等研究的技术手段。它能高效解析原核生物在特定生理状态、环境胁迫或发育阶段下的基因表达调控规律。
技术优势
1、准确性高：依赖已知的参考基因组，序列比对和基因注释更可靠，减少假阳性结果。
2、数据利用率高：特异性去除rRNA，高效富集mRNA，显著降低 rRNA 污染，避免无效数据浪费
3、链特异性文库：可提供准确的基因表达定量信息、精准解析操纵子与转录边界、鉴定反义RNA等调控因子、排除gDNA污染干扰
应用方向
1、环境适应机制研究：分析原核生物在极端环境（高温、高盐、重金属）、营养胁迫下的差异表达基因，揭示其耐逆相关的功能基因和调控通路。例如，研究大肠杆菌在饥饿条件下的碳代谢基因表达变化。
2、病原菌致病机制解析：对比病原菌在感染宿主前后、毒力菌株与减毒菌株的转录组差异，筛选毒力基因、黏附相关基因等，阐明致病分子机制。例如，研究金黄色葡萄球菌在人体血液中的基因表达特征。
3、抗生素耐药性研究：分析耐药菌株与敏感菌株在抗生素处理后的转录组变化，挖掘耐药基因（如耐药泵基因、靶标基因突变相关基因）及耐药调控网络。
4、工业微生物改造：针对产酶菌、产抗生素菌等工业菌株，通过转录组分析筛选高产相关基因，指导菌株基因工程改造。例如，优化放线菌的抗生素合成通路基因表达。
合作案例
1. Isolation and characterization of Pseudomonas fluorescens producing biogenic amines: AHL-mediated quorum sensing as a key regulatory mechanism.2025.LWT【IF=6.6】
2. Integrated induction of silver resistance determinants and production of extracellular polymeric substances in Cupriavidus metallidurans BS1 in response to silver ions and silver nanoparticles.2024.Chemosphere.【IF=8.1】
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