微生物多样性研究
微生物多样性研究(微生态学)是一门研究生物体正常微生物群与其宿主相互依赖、相互制约规律的科学,它涉及生物体与其内环境(包括微生物、生物化学和生物物理环境)相适应的问题,与人类健康密切相关。
主要分类:环境微生态和肠道微生态。
测序发展历史
测序平台
二代测序平台:NovaSeq 6000
三代测序平台:PacBio
分析流程
分析内容
OTU(Operational Taxonomic Units)聚类与注释
相对丰度总表:物种组成+相对丰度
物种组成分类(门纲目科属种)
物种差异分析(秩和检验/ANOVA、T-test、LEfSe 分析、Metastat分析)
关联分析(菌属之间的相关性、RDA/CCA分析、菌与代谢物相关性)