网络药理学从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病的发生发展过程、从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。其整体性、系统性的特点与中医药整体观、辩证论治原则一直，目前已被广泛应用于中药研究。
数据库简介
ChEMBL: ChEMBL是一个人工合成的具有药物性质的生物活性分子数据库。它汇集了化学、生物活性和基因组数据，以帮助将基因组信息转化为有效的新药；包括9800个活性物质，6900个代谢物；并收录多种代谢物作用靶点。TTD: TTD包含5059种专利药物（摘自世界知识产权组织、美国、欧洲、日本等3145项专利）靶点215 个，236项临床试验和207个专利记录靶点（4774种专利药物的结构以.mol文件形式绘制和提供，3388种专利药的靶向活性来自文献）。YaTCM数据库包括8,159种草药，43,413种成分和 4,633种疾病。TCMSP是用于药物发现的系统药理数据库，包含499种中草药，29,384种成分和3,311种靶标。为了跟上已发表的中药化合物数量的不断增加并为基于中药的药物发现提供分析工具，我们开发了另一个中药数据库（YaTCM）。YaTCM数据库提供了分离的中药化合物的全面生物学相关信息，包括处方，草药，成分，确定或推定的蛋白质靶标，途径和疾病 。
数据分析流程
分析内容
● 实验测得代谢物或某复方在数据库中有效成分代谢物作用靶点查询
● 关注疾病治疗靶点查询
● 代谢物作用靶点及疾病治疗靶点GO富集分析
● 代谢物作用靶点及疾病治疗靶点KEGG通路分析
● 靶点蛋白互作网络图分析
● 代谢物-靶点-通路互作网络图分析
应用举例
(1) 获取中药有效成分代谢物作用靶点
将实验检测结果或者YaTCM中获得代谢物从ChEMBL数据库中查得代谢物的作用靶点。查得结果如下：
表1.中药有效成分代谢物作用靶点表
(2) 获取关注疾病靶点
将关注疾病从TTD数据库中查得疾病治疗靶点。查得结果如下表：
表2.关注疾病治疗靶点表
(3) 代谢物作用靶点及疾病治疗靶点Go富集分析
GO数据库（geneontology.org）包含了基因参与的生物过程，所处的细胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，常用于提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。
表3.GO功能分析表
表内各列内容解释如下：
ONTOLOGY: GO富集分析生物过程分类；
ID：GO条目在数据库中的识别号；
Description：富集的项目，包含GO名称；
pvalue：Fisher精确检验的打分值；
p.adjust：采用fdr方法校正后的P值；
Count：差异表达蛋白中映射到该GO条目上的蛋白个数。
以直方图的形式展示靶标蛋白GO分析结果（展示GO各分类前十）：
图2.靶点蛋白GO富集分析分类直方图
图中横坐标为GO Term，纵坐标为映射的差异表达蛋白个数，红色表示BP注释信息，绿色表示CC注释信息，蓝色表示MF注释信息，透明度表示pvalue大小，颜色越深，pvalue越小。
(4) 代谢物作用靶点及疾病治疗靶点Kegg Pathway分析
京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG) Pathway数据库 (www.kegg.jp/kegg/pathway.html) 7 8，储存了基因和基因组的功能信息，包括图解的细胞生化过程如 代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，以及同系保守的子通路等信息。通过对靶点蛋白显著富集的代谢通 路进行分析，可以了解中药有效成分通过影响哪些通路来治疗疾病。 对结果利用KEGG网站搜索Homo sapiens (human)数据库提供的绘图模块进行靶点蛋白渲染。
(5) 代谢物-靶点-通路的网络构建分析
代谢物-靶点-通路的网络构建分析同靶点蛋白的网络构建分析，此项分析加入代谢物与靶点蛋白节点 关系、靶点蛋白与通路节点关系。网络互作图如下图：
图3.代谢物-靶点-GO互作网络图
图中颜色代表不同节点类型：如代谢物、靶点蛋白、疾病等,形状表示同颜色。
