小趣在前面的干货分享中给大家介绍过VIP scores图通过Metaboanalyst(MA)网站来实现的方法,那Metaboanalyst(MA)网站是一个什么样的网站呢?就跟小趣一起来看看吧~
Metaboanalyst是一个基于网络、功能全面的工具,用于处理、分析和解释代谢组学数据。它不仅可以做统计分析,还能进行功能注释分析,比如Enrichment Analysis、Pathway Analysis。小趣今天主要带大家来学习一下用Metaboanalyst网站实现统计分析,下面一起来看看吧~
第一列sample为样本名,第二列classid为样本分组,从第3列开始为每一个代谢物在单个样本上的含量。
1.首先在浏览器中输入网址https://www.metaboanalyst.ca/,点击首页Statistical Analysis[one factor],进入下一页面,会有很多数据输入格式选择,这里我们选择的输入格式为.csv,点击Choose选择输入的文件,然后点击Submit进入下一个页面。
2. Edit Groups是修改分组,这里我们不需要修改,直接点击Proceed进入下一个页面。
3. 这个页面是对数据进行处理,Sample normalization是否对数据进行归一化处理;Data transformation 是否对数据进行某种转换;Data scaling 是否对数据进行某种scaling方式处理。选择完成后点击normalize,然后点击Proceed进入下一个页面。
4. 这个页面有很多分析可以进行选择,可根据自己的需求点击,比如我们现在需要做一个PCA,则可以点击Principal Component Analysis (PCA),进入下一个页面。
5. 在该页面可以根据图形页面的小画笔对图形进行修改。这样我们一张PCA图就做好啦。最后所有做过的分析都可以直接通过左下角的Download直接打包下载。
最后在这里展示几张通过该网站做出来的几个分析图吧。
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