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有问有答 | 代谢组学及数据分析问答汇总 第四集

分类:
阿趣动态
发布时间:
2020/01/22 16:33
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各位观众老爷
多日不见不知是否还记得咱们的Q&A啊~
非常感谢各位老师的支持与厚爱~~
随着问答的渐渐深入
我们的问答也将进入大家最为关注的数据分析类啦~
话不多说,干货奉上~
 
Q:“面积归一”中的“面积”是指一个样本的总面积还是所有样本的总面积?
A:一个样本检测的所有物质的总面积,即该样本中所有peak总峰面积
 
Q:面积归一化得到的值代表物质的相对含量吗?
这个可以用来进行样本内部代谢物相对含量的比较吗?
 
A:是的,是相对含量,但是它只能做样本间的横向比较,做不了样本内部的纵向比较。
也就是这个相对含量只能做一个物质在不同样本间的比较,不能做一个样本中不同物质间的比较。
 
Q:总离子流图的横纵坐标单位分别是什么?
A:横轴是时间,单位是min,纵轴是信号强度,没有单位。
代谢组学
 
Q:GC的原始数据为何都是整数?
A:大部分GC仪器都是低分辨率的,因为目前的NIST库,自建库等都是低分辨,且高分辨率的也没有对应的数据库支撑。TOF的采集速率高,质谱比Q更好一些。
比如,安捷伦7890A-5975C气质联用仪配备的是单四极杆检测器,分辨率只能达到单位分辨。该类型的质谱也可用于代谢组学分析,但是不推荐。因其分辨率较低,且扫描速度相比TOF不够快。TOF质谱可以提供更高灵敏度、更高采集速率和更准确的质谱数据采集,更高的采集速率可以保证峰型的准确度,从而保证峰面积的准确度。更准确的质谱数据采集,可以保证后期解卷积和定性。
 
Q:GC-TOF-MS实验中FAMEs饱和脂肪酸甲脂的作用?
A:用于计算保留时间指数RI来于后续辅助物质定性。
 
Q:GC x GC-TOF-MS二维鉴定出的物质准确度与GC-TOF-MS一维相比更好一些吗?
A:如果都不用RI的话,二维会比一维更好,因为实检质谱图更“干净”了,但实际上我们一维都用RI辅助定性,所以二维最大的优势就是检出的物质相对更多一些。
 
Q:LC流动相时间梯度为什么不是线性梯度?
A:这种反相洗脱,有机相比例从低到高即可,洗脱主要看1-8min,8-10min用于洗脱杂质, 100%的有机相可以将所有杂质洗掉,最后两分钟不是为了洗脱,就是让比例恢复到初始,平衡一下系统,所以时间设置不需要成线性梯度。
 
Q:正模式和负模式的流动相为什么加甲酸和醋酸铵呢?
A: 正负模式分别加酸和盐是为了促进电离,得到更高的响应。
 
Q:为什么LC结果中m/z值和匹配物质的实际分子量值不一样?
A:由于LC结果中的m/z值是包含加合物的m/z的,我们可以根据物质名在HMDB查询该物质的具体分子量。
 
如下图:
代谢组学
Q:为什么样本中不可能存在的物质也被检测出来了?
A:两个原因:
a.代谢组学物质定性依赖于数据库,根据定性原则将测到的物质谱图信息与数据库进行匹配,所以当一个物质碎裂后的谱图和某个外源性物质的谱图非常相似的时候是有可能被定性到的;
b.也有可能是前期处理有污染。
当然我们还是会持续记录大家的问题,并尽力去解答;由于一些问题需要一些时间准备,所以会在适合的时候整合并回答。
 
欢迎留言提问,我们下期再见啊~
 
代谢组学
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有问有答 | 代谢组学及数据分析问答汇总 第四集