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有问有答 | 代谢组学及数据分析问答汇总 第二集

分类:
阿趣动态
发布时间:
2019/11/08 09:36
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都说GC要做衍生化,是所有GC检测中都要做这个处理吗?

不是的。

挥发类的物质样本不需要进行衍生化处理,衍生化处理检测的数据fiehn和NIST均可以搜,不衍生化的只能搜NIST库。

 

我看了你们一些客户发表的文章,为什么不同样本的物质提取方法差不多?

 

代谢物有很多分类,在不同的样本都是主要分为水溶性、极性、非极性和脂溶性等几类。因此我们需要用不同的试剂去提取,实验中水溶性的物质往往采用水来提取;极性成分采用甲醇;非极性及脂溶性的采用氯仿。不同样本的提取方法差不多,目的是为了尽可能多的提取出样本中的代谢物,所以可以根据感兴趣的物质类型选择提取方法而不是根据样本类型

 

怎么让我的代谢组学检测结果比较可靠?

 

可以用一些质控手段,一般有空白内标QC

 

通过空白的TIC我们可以看出柱子有没有上一个项目的残留,仪器是否干净;

内标可以用来观察保留时间是否偏移,以及对数据做归一化处理。

QC可以衡量仪器的稳定性,做批间矫正,筛选feature。

 

靶标检测需要加内标吗?

靶标定量检测目前常用的定量方法分别为:外标法和内标法。

外标法不加内标,内标法需要加内标,加稳定同位素内标更好。

 

能科普一下你刚刚说的内标法外标法吗?

 

内标法:是将一定重量的纯物质作为内标物(参见内标物条)加到一定量的被分析样品混合物中,然后对含有内标物的样品进行色谱分析,分别测定内标物和待测组分的峰面积(或峰高)及相对校正因子,按公式即可求出被测组分在样品中的百分含量。内标法是色谱分析中一种比较准确的定量方法,尤其在没有标准物对照时,此方法更显其优越性。

 

外标法:与内标法相对,指按梯度添加一定量的标准品(对照品)于空白溶剂中制成对照样品,与未知试样平行地进行样品处理并检测。不同浓度的标准品进样,以峰面积为值绘制成标准曲线,从而推算出未知试样中被测组分浓度的定量方法。

 

常用的内标物质是哪些,又该如何选用?

 

常用的内标物质有:核糖醇,L-2-氯苯丙氨酸。

目前L-2-氯苯丙氨酸相对来说更加稳定些。

 

为什么植物样本和血清样本LC-MS仪器检测参数设置是相同的?

如果做的是普通的非靶代谢组学,他们使用的是一个数据库进行定性分析的,而能够使用此数据库的条件是要保证实验条件尽可能的还原数据库的构建条件,一旦确定下来,就不会改变了。所以尽管样本不同,但它们检测参数的设置是相同的。

 

非靶代谢组学:

 

BIOTREE非靶标代谢组学平台,包括:UHPLC-QTOF-MS、UHPLC-QE-MS、GCTOF-MS、GC-Q-MS 等。

能够准确、快速地分析各种生物样本(血、尿、动物组织、唾液、羊水、细胞和细胞液、植物、微生物等)中的小分子代谢物。

 

非靶代谢组学可以更大程度反映生命体对外界刺激、病理生理变化、以及本身基因突变产生的代谢物水平的多元动态反应,为疾病诊断、病理研究、新药开发、药物毒理学、中医药现代化、食品营养、农林、环境毒理等研究提供新的探索视⻆。

 

自己试验的LC-MS色谱图出峰很丑,明显共流出很严重,怎么办?

 

这是由于出峰太快导致的,可以通过调整流动相梯度比例,增加保留时间,减缓出峰速度来改善这一状况。

 

GC-MS如何定性定量?

 

(1)一个物质在GC-MS质谱检测中会被轰击为多个基团,每个基团的离子峰都会有一个mass值,所以一个物质有多个mass值。

(2)在定性的的时候会结合一个物质所有的基团的离子峰和数据库做谱图比对,然后有similarity的打分表征可信度, 并会结合Retention Index(RI保留时间指数)对定性结果有进一步的质量管控,如果与RI差值在正负5000以内,认为该peak定性成这个物质是有意义的。

(3)在定量的时候,会在这些基团的离子峰中选择该物质相较于其他物质所特有的离子峰,来对其进行峰面积的积分进行定量。

 

如何说明实验检测没问题?

 

QC稳定并在PCA图上有很好的聚类,内标保留时间和响应偏差小(RSD<30%),物质的检出率高等都可以说明检测没问题哟~

 

非靶向代谢组学得到的数据如何做搜库分析鉴定?

 

这个问题有点广泛。

 

非靶向代谢组学的搜库鉴定有以下几步:选择数据库、利用软件对数据做解卷积、峰提取、峰对齐,然后进行物质鉴定,通过峰积分进行定量。

常见的LC数据库有HMDB,Metlin等公共库;

仪器厂家开发的有内嵌数据库的代谢组学处理软件,如waters的QI,thremol的CD等;

当然最好的还是使用自建库来做物质鉴定,online的也有XC MS可以做物质鉴定;一般GC用到的都是公共库,如NIST, fiehn等。

 

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有问有答 | 代谢组学及数据分析问答汇总 第二集