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喜讯 | 阿趣生物助力客户文章四连发!!!

分类:
阿趣动态
发布时间:
2019/03/15 16:54
浏览量
 
热烈祝贺阿趣生物客户广东海洋大学连续发表4篇珍珠贝代谢组学文章,其中阿趣生物为研究中所涉及到的珍珠贝的代谢及转录检测和分析提供服务。
 
珍珠贝是一种常见的海洋生物。您是不是也有类似的研究对象,却在苦苦思索,不知如何推陈出新呢?快来围观广东海洋大学的老师们是如何轻松发表文章的吧。
 
1
整合转录组学和代谢组学研究马氏珠母贝的不同步生长机制
 
代谢组学
 
广东海洋大学:Hao R, Du X, Yang C, et al. Integrated application of transcriptomics and metabolomics provides insights into unsynchronized growth in pearl oyster Pinctada fucata martensii.Science of the Total Environment 2019, 666: 46–56.  IF=4.61
 
组学平台:GC-TOF/MS、Hiseq4000 
 
分组情况:快速生长组(FG)、缓慢生长组(SG)、代谢和转录每组n=5
 
分析图: PCA/OPLS-DA/Permutation /热图/气泡图/火山图/手绘通路图/相关性热图/通路富集分析
 
摘要
 
与其他海洋无脊椎动物类似,马氏珠母贝的生长具有不同步的特征,这种现象给养殖者造成了巨大的困扰和工作量。然而,这种潜在的不同步生长的分子代谢机制还鲜有研究。
 
本研究从马氏珠母贝选育群体中选取亲本(雌:雄=28:20)进行繁殖,获得的子代在相同环境下养殖6个月后,根据贝体生长性状(壳长、壳宽、壳高、总重和壳重)将马氏珠母贝分成快速生长组和缓慢生长组,并进行转录组和代谢组测序分析,以期解析马氏珠母贝不同步生长的机理。
 
结果显示:(1)转录组分析显示快速生长组和缓慢生长组具有168个差异基因,与缓慢生长组相比,快速生长组有107个基因显著上调,61个基因显著下调(P<0.001);KEGG通路富集分析结果发现,27个通路被显著富集,包括“ECM-receptor interaction”、“Pentose phosphate pathway”、“Degradation of aromatic compounds”等。(2)代谢组分析显示快速生长组和缓慢生长组具有30 差异代谢物,与缓慢生长组相比,快速生长组有4个代谢物显著上调,26个代谢物显著下调(VIP > 1 且 P < 0.05);通过代谢通路富集分析显示,最相关的代谢通路为“谷胱甘肽代谢”、“硫代谢”、“缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成”、“甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢”和“色氨酸代谢”。(3)转录组和代谢组联合分析显示,快速生长组马氏珠母贝表现出更高的消化和合成代谢能力;快速生长组马氏珠母贝具有较高的生物矿化能力;快速生长组的个体展示出更高的渗透调节能力;缓慢生长组的个体消耗更多能量以应对环境压力。因此,马氏珠母贝表现出生长的不同步性。
 
本研究为深入了解无脊椎动物不同步生长的分子代谢机制提供资料,并进一步促进马氏珠母贝分子育种的研究。
 
2
基于GC–TOF/MS代谢组学研究马氏珠母贝对不同碳水化合物/蛋白水平饲料的代谢应答
 
代谢组学
 
广东海洋大学:Yang C, Hao R, Du X, et al. Response to different dietary carbohydrate and protein levels of pearl oysters (Pinctada fucata martensii) as revealed by GC-TOF/MS-based metabolomics.Science of the Total Environment 2019, 650:2614–2623.IF=4.61
 
组学平台:GC-TOF/MS
 
分组情况:设置了5个不同碳水化合物/蛋白水平的饲料组(C30P40,C35P35,C40P30,C45P25和C50P20组)和对照组(CG1和CG2组),养殖60天后,根据马氏珠母贝的生长性能、消化酶活性、免疫力和抗氧化能力获得最适的饲料蛋白质/碳水化合物水平(C30P40);然后使用GC-TOF/MS代谢组平台比较了高碳水化合物/低蛋白饲料组(C45P25)和低碳水化合物/高蛋白饲料组(C30P40)马氏珠母贝的代谢特征(每组n=8)
 
分析图: PCA/OPLS-DA/Permutation /热图/气泡图/手绘通路图
 
摘要
 
为了保障养殖环境稳定和食品安全的可控,陆基养殖已成为未来滤食性贝类养殖的必然趋势。这种模式需要大量的天然饵料,它的首要限制因素是缺乏来源稳定、营养适宜且可批量生产的人工配合饲料,因此研发营养适宜的人工饲料决定着整个养殖模式的成败。
 
为了探讨饲料碳水化合物/蛋白质的最佳平衡及相关代谢机理,本研究配制了5种不同碳水化合物(C)和蛋白质(P)水平的等脂等能的饲料(C30P40、C35P35、C40P30、C45P25和C50P20),设置了5个实验组(C30P40、C35P35、C40P30、C45P25和C50P20)和2个对照组(CG1组投喂酵母粉和小球藻的混合物,CG2组为自然海区养殖)。
 
养殖60天后,结果显示:C45P25组的存活率和AGR最高;C45P25组淀粉酶、蛋白酶、AKP、ACP、SOD、CAT、GPx和酚氧化酶的活性显著高于 C30P40、C35P35、C40P30、C50P20和CG1组(P<0.05),C45P25组的丙二醛含量显著低于 C30P40、C35P35、C40P30、C50P20和CG1组(P<0.05),此外,C45P25组的总抗氧化能力显著高于C30P40、C35P35、C40P30和C50P20组(P<0.05)。综上,C45P25是马氏珠母贝微胶囊饲料碳水化合物/蛋白质的最佳平衡。
 
高碳水化合物/低蛋白饲料组(C45P25)和低碳水化合物/高蛋白饲料组(C30P40)的马氏珠母贝代谢组分析显示:鉴定到的287个代谢物中,80个差异显著(VIP>1,P<0.05)。代谢通路富集分析表明饲料C45P25调节淀粉和蔗糖代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,以满足能量需求和增加生糖氨基酸,促进蛋白质合成和减少脂肪酸β-氧化。这些发现有助于理解为什么马氏珠母贝适合高碳水化合物/低蛋白饲料。
 
3
基于GC-TOF / MS代谢组学研究马氏珠母贝对不同蛋白源饲料的代谢差异
 
代谢组学
 
广东海洋大学:C Yang, R Hao, X Du, et al. GC-TOF/MS-based metabolomics studies on the effect of protein sources in formulated diet for pearl oyster Pinctada fucata martensii. Aquaculture , 2018, 486:139-147.IF=2.710
 
组学平台: GC-TOF/MS(马氏珠母贝肝胰腺组织)
 
分组情况:EG1组(n=6)和EG2组(n=6)——用不同的主要蛋白源(酵母粉,P3;玉米蛋白粉,P5)配制两种等氮(35%粗蛋白)和等脂(10%粗脂肪)实验饲料进行养殖实验
 
分析图:PCA/OPLS-DA/Permutation/TIC/Heatmap/气泡图/手绘通路图
 
摘要
 
为了探讨马氏珠母贝对不同蛋白源饲料的代谢机理,本研究分别以酵母粉和玉米蛋白粉为主要的蛋白源的配合饲料P3和P5再次养殖的马氏珠母贝为实验样本(EG1和EG2),使用气相色谱(GC)-飞行时间(TOF)/质谱(MS)的代谢组学平台,结合多变量分析,比较不同蛋白源饲料对两组马氏珠母贝的代谢差异。
 
结果显示:EG1组的存活率和生长性状的AGR显著高于EG2组(P<0.05)。在鉴定到的126个特定代谢物(与质谱检测峰的匹配度打分(Similarity)≥700)中,35个差异显著(VIP>1且P<0.05)。通过差异代谢物共富集到34条代谢通路,代谢通路富集分析暗示了饲料P5组表现出较低的肌醇磷酸代谢、抗坏血酸和阿尔达酸代谢、苯丙氨酸代谢和酪氨酸代谢能力。以上分析解释了不同蛋白源饲料饲养的马氏珠母贝的生长差异的原因,同时解析了马氏珠母贝对不同蛋白源饲料的代谢差异。
 
4
不同生长速度大珠母贝的代谢物差异
 
代谢组学
 
广东海洋大学:Ruijuan Hao, Ziman Wang, Chuangye Yang, et al.Metabolomic responses of juvenile pearl oyster Pinctada maxima to different growth performances.Aquaculture 491 (2018) 258-265.IF=2.710
 
组学平台: GC-TOF/MS(大珠母贝全组织) 
 
分组情况:生长缓慢组SG(n=6)与生长快速组FG(n=6)
 
分析图:PCA/OPLS-DA/Permutation/TIC/Heatmap/气泡图/手绘通路图
 
摘要
 
与其他海洋双壳类相似,大珠母贝具不同步生长现象,但是潜在的代谢机制尚未被研究。2017年本课题组进行苗种培育,按照常规技术进行海区养殖6个月,根据贝体生长性状(壳长、壳宽、壳高和总重)将大珠母贝分成快速生长组和慢速生长组。基于GC-TOF/MS 代谢组学研究了快速生长组和慢速生长组的代谢物的变化,并探讨了它们不同步生长的机制。
 
在代谢组学分析中,分离到896个峰,与数据库匹配后,能注释到物质名称的并且打分值大于700的代谢物质有111个,差异代谢物48个 (VIP>1和P<0.1)。通路分析表明,这些差异物参与了11条通路。进一步的综合关键代谢途径分析表明,大珠母贝在缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的生物合成、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢、嘧啶的代谢、半胱氨酸和蛋氨酸的代谢以及谷胱甘肽的代谢等方面具有显著差异。
 
代谢组学
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