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微生物多样性测序

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微生物多样性测序(又称扩增子测序)是一种利用高通量测序技术对PCR所扩增的16S、18S、ITS等微生物物种特征序列的PCR产物进行检测的研究方法。 此类方法不需要对微生物进行分离纯化培养,尤其适用于环境微生物等样本的研究。

 

技术优势

不需纯化培养,高通量检测样本中微生物,可检测不可培养的微生物。
 
技术路线
 

技术参数

样本要求
土壤          10 g
粪便          3-5 g
血液          10 mL
污泥/沉积物   5-10 g
DNA           总量 ≥ 1 μg、浓度 ≥ 20 ng/μL
 
检测平台
测序平台:Illumina Hiseq
测序策略:PE250
测序深度:5万/8万reads
 
常规项目周期
实验检测:45个工作日(从收到客户预付款并收到样品之日起)
数据分析:15个工作日
 
应用方向
1、医学领域:常见疾病与人体微生物的关系研究;
2、动物领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;
3、农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等;
4、环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究等;
5、特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
 
案例分析
巴西大西洋森林两个热带浅水湖泊淡水浮游细菌多样性的季节性
细菌在淡水环境中对有机和无机物质的循环是非常重要的。然而,对于热带系统中浮游细菌的多样性知之甚少。对热带湖泊碳和营养循环的研究表明,其与温带气候有很大差异的季节性。作者利用16S rRNA测序技术,研究了两个热带湖泊浮游细菌群落的季节变化,揭示了季节性和深度高度动态的浮游细菌群落,湖泊混合状态的差异与季节性β多样性有关。
 
参考文献
Avila M P, Staehr P A, Barbosa F A R, et al. Seasonality of freshwater bacterioplankton diversity in two tropical shallow lakes from the Brazilian Atlantic Forest[J]. FEMS microbiology ecology, 2017, 93(1).
 
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