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转录组学

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转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更准确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。

 

技术优势

高通量、更精确的数字信号;
在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测;
分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本;
准确的识别可变剪切和融合基因。
 
技术路线
            
 

技术参数

样本要求
动物样品RNA          总量≥10 μL,浓度≥150 ng/μL,RIN≥7,28 S/18 S≥1.0
植物、真菌样品RNA    总量≥20 μg,浓度≥250 ng/μL,RIN≥6.5, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0
原核生物RNA          总量≥5 μg,浓度≥65 ng/μL,RIN≥7, 23 S/16 S≥1.0, OD260/280≥1.8
如上述未提及的样本,可咨询销售工程师
 
检测平台
测序平台:Illumina Hiseq4000 或 Hiseq Xten 或 Nova Seq6000
测序方法:PE150
测序深度:6G/10G/12G
 
常规项目周期
实验检测:40个工作日(从收到客户预付款并收到样品之日起)
数据分析:10个工作日
 
应用方向
1、植物生长机制的发现及干预;
2、炎症发生机制的发现及干预;
3、表达差异的研究;
4、基因点突变及多态性检测。
 
案例分析
突变植株的基因GO分析
为了进一步了解PIF4和PIF5基因调控的基因对LBL的反应,我们进行了全基因组mRNA-seq分析。WT和PIF4/PIF5双突变幼苗放入短波蓝光(LBL)或正常光(WL)中一段时间后,我们发现在WT幼苗中由LBL调控的基因在PIF4/PIF5双突变幼苗中被负调节。通过GO分析发现这些基因功能与cell wall modification and organization, cell wall biogenesis, cell growth, and water responses这四个功能相关。
 
参考文献
[1] Pedmale U V, Huang S C, Zander M, et al. Cryptochromes Interact Directly with PIFs to Control Plant Growth in Limiting Blue Light.[J]. Cell, 2016, 164(1-2):233-245.
[2] Ulland T K, Song W M, Huang S C, et al. TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease.[J]. Cell. 2017, 170(4):649-663.
 
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